阜阳市第二人民医院始建于1972年,前身为阜阳行署传染病医院,1997年在全国专科医院中首家按照综合医院标准通过二级甲等综合医院评审。2011年初在全省首家通过三级甲等传染病专科医院评审,正式成为以“强专科、大综合”为特色的三级甲等医院。同时,也是安徽医科大学阜阳临床学院,蚌埠医学院教学医院,多项诊疗技术居阜阳市领先水平,是皖西北地区医疗、预防、教学、研究中心之一,医疗服务范围辐射周边省、市地区。年门急诊总量达40余万人次,住院病人达4万余人次。
近年来,该院坚持以病人为中心,以质量为核心,以科技为先导,近年曾获部、省、市级科技成果奖 76 项,能够开展多种专科专病治疗和疑难手术。多次成功有效应对非典、人禽流感、手足口病、甲型 H1N1 流感等突发公共卫生事件重症病人救治工作, 为保障群众的健康及生命安全作出了突出贡献。
2003 年院党委被中央组织部授予“全国非典防治先进基层党组织”,医院被国家人事部、卫生部联合授予“全国非典防治先进单位”;2006 年和 2007 年连年分别荣立阜阳市人民政府人禽流感救治工作和 5·4 氨中毒救治工作集体二等功;2006 年 5 月被省卫生厅表彰为“安徽省人禽流感救治工作先进单位”;2006 年底被评为阜阳市诚信医院;2007 年 6 月、 2009 年 5 月和 2011 年 8 月,连续三次被评为阜阳市第五届、第六届、第七届文明单位; 2011 年 10 月,被省委、省政府评为第九届安徽省文明单位; 2008 年 3 月被省卫生厅评为全省卫生系统先进集体,10 月被省政府评为安徽省手足口病防治工作先进集体; 2011 年 9 月,被市政府评为阜阳市先进集体; 2012 年 6 月,被中国医院协会表彰为第四届全国医院(卫生)文化建设先进单位; 2014 年 4 月被表彰为安徽省劳动竞赛先进集体。并多次被阜阳市委、市政府命名为全市卫生工作先进单位、科技工作先进单位,阜城窗口行业“十佳单位”、“价格诚信建设示范单位”、“行风建设先进单位”和“十佳党委”等光荣称号。